Первоначально Ватагин работал в портретном и пейзажном жанрах, однако с 1990-х годов его основной страстью стала деревянная скульптура. Интерес к резьбе по дереву возник ещё во время военной службы — именно тогда была создана первая фигура. Этот материал стал определяющим для его узнаваемого авторского стиля.
Центральное место в скульптурном наследии Ватагина занимают портреты русских литераторов и деятелей культуры. Каждый образ создается после глубокого изучения биографии и мемуаров героя, что позволило мастеру создать впечатляющую галерею характеров — от Пушкина и Толстого до Мандельштама и фантастических персонажей.
Его работы соединяют личное отношение к эпохе и личности с уникальным почерком. Произведения наполнены жизнью, лишены парадности и часто отмечены умышленной наивностью.
Современники отмечают своеобразную постмодернистскую иронию работ Ватагина, в которых отсутствует назидательность, но присутствуют искренность и добрый юмор. Мастер свободно интерпретирует знакомые образы, не следуя строгим традициям. Его произведения хранятся в Государственной Третьяковской галерее, Тарусской картинной галерее и многочисленных российских и зарубежных музейных и частных собраниях.
Ватагин воспринимает искусство как целостный организм, где главные ценности — любовь и честность художника. Он ценит напряженность формы, конкретность образа и лаконизм. По его убеждению, ценность произведения определяет не мода или актуальность, а выразительность и внутренняя правда.
Николай Ватагин — мастер, сохранивший связь с корнями и привнесший новое звучание в традиции отечественной деревянной скульптуры. Его творчество — глубоко личное осмысление культуры, истории и человеческой природы.